Ancienne cité médiévale, sous-préfecture de la Nièvre, dominant la vallée de l'Yonne. Au Xème siècle, les comtes de Nevers élèvent un château qui se trouvait devant l’actuel hôtel de ville. Au XIIème siècle, le comte Guillaume II fonde l’hôpital de Panténor sur la rive droite de l'Yonne, face au vieux Clamecy, son petit fils, le comte Guillaume IV lègue l'hôpital et son église à l’évêché de Bethléem en Palestine. En 1223, l’évêque, chassé de Palestine, vient s’installer à Panténor où il établit son siège épiscopal, quartier qui prend le nom de Bethléem, nom qu'il porte toujours. L’évêché de Bethléem y demeure jusqu’en 1801, une cinquantaine d’évêques s’y succèdent. La nouvelle église, Notre-Dame de Bethléem est construite en ciment armé de 1926 à 1927. La collégiale Saint-Martin est bâtie au XIIIème siècle en face du château ducal, au milieu d’une ville protégée par des remparts. Au XIVème siècle, Clamecy est plusieurs fois rançonnée ou ravagée, en 1323, en 1360, en 1401 et 1442, elle est occupée. A partir de 1497, le calme revenu, la collégiale est dotée d’une tour monumentale en gothique flamboyant. A partir du XVIème siècle, Clamecy devient la capitale du flottage de bois. Paris s'est tourné vers le Morvan pour s'approvisionner en bois de chauffage. Les arbres sont coupés dans les forêts et jetés dans les cours d'eau, direction Clamecy. Sortis de l’eau par les habitants, les troncs sont déposés sur le canal du Nivernais et assemblés en "trains de bois" jusqu’à 75 mètres de long. Chevauchant ces grands radeaux de bois, les "flotteurs" descendent l’Yonne puis la Seine vers la capitale pendant 11 jours. Le déclin s’amorce au cours du XIXème siècle avec le transport par péniche et l’avènement du charbon.