Village entré dans l'histoire écrite en 1167, à l'occasion d'un litige avec les religieux de l'abbaye de Sixt. Son nom provient d’une expression médiévale qui qualifie "les sept monts" l'entourant, Cuidex, Vigny, Folly, Oddaz, Bostan, Chardonnière, Vullie. Pendant tout le Moyen Âge, son histoire est marquée par des heurts avec les monastères voisins, les montagnards admettent mal la tutelle matérielle et spirituelle dont les religieux sont investis. En 1438, un jugement du duc Amédée VIII met fin à une longue controverse en reconnaissant aux habitants la propriété de plusieurs massifs montagneux, cette victoire est commémorée par la plantation d'un arbre sur la place, le "Gros Tilleul", emblème de la cité. Sur la commune se dressent les ruines du château de Montanier, édifié au XIIIème siècle, siège d’une seigneurie, il est détruit lors de la prise et de l’incendie du bourg de Samoëns au XVème siècle, pendant l’invasion des Bernois. L’église Notre-Dame de l’Assomption, connait également le même destin lors de cette invasion, elle est reconstruite, pas le château. Lors de l’aménagement du jardin botanique alpin "La Jaÿsinia", ses ruines ont été intégrées au lieu. La cité vit au XVIIIème siècle son apogée, en 1750, les habitants du bourg parviennent, en se cotisant, à racheter le fief au marquis de Samoëns. Leurs fameuses "Sept Montagnes" leur est acquises, elles permettent un regain d'activité agropastorale. Ancienne patrie des tailleurs de pierre, Samoëns connaît aujourd'hui une activité économique principalement tournée vers le tourisme, grâce à sa station de sports d'hiver. Le début du XXème siècle est dominé par la figure de Marie-Louise Jaÿ, enfant du pays émigrée à Paris, elle fonde La Samaritaine. Devenue millionnaire, elle décide en 1904 de doter sa commune natale d'un outil pour son développement touristique, le jardin botanique Alpin voit le jour, il prend place sur les escarpements rocheux dominant le vieux village.